三星防线上，人类与外星异型残酷的战争仍在继续，回到雷隆多的黄而再次负担起拯救自己和同伴的重任。此时因为幻界战争失利,GDI的工作重心由幻界转移到三星防线，使得三星防线迅速发展壮大起来。谁也不知道，更大的危机正在悄悄袭来……外星异形突出出现在地球上空，人类的未来将何去何从？
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但是在诸多极不稳定空间之间，有三个相对稳定的空间，即天界、幻界和灵界。
