《解深密经》的核心思想在论证一切外境外法与识的关系，认为一切诸法乃识之变现，阿赖子耶识是生死轮回的主体，是万物生起的种子。经中还提出了著名的“三性”、“三无性”问题，并深入地论述了一切虚妄分别相与真如实性的关系。
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所知障，覆蔽所知境界，障智不令生之无知性，其执遍计所执诸法萨迦耶见以为上首，含摄所有无明、法爱、恚等诸心心所法，及所发业并所得果，以此障碍菩提。本惑名缠，而随惑为垢。
